Später im Verlauf der Geschichte wohnt sie zusammen mit Kaname wieder in der Villa der Kurans, dort, wo Kaname und Yuki ursprünglich mit ihren Eltern lebten. Sie wird auf das Leben als Reinblüter vorbereitet, denn viele sehen sie nur als "Baby" an. Auf einer speziellen Abendgesellschaft wird sie offiziell in die Welt der Vampire eingeführt, wo sie auch ihre beste Freundin Yori wiedersieht. Allerdings wird dieses Ereigniss überschattet von dem Tot eines anderen Reinblüters. Dieser, so scheint es, machte einen der Anwesenden Hunter zum Vampir, um durch seine Waffe zu sterben. Nun macht Yuki es sich zur Aufgabe, alle verbelibenden Reinblüter mit Artemis aufzusuchen, um ihnen anzubieten, ihr Leben zu beenden, denn sie will keine Menschen sterben sehen.
Während sie eines Tages Kanames Blut zu sich nimmt, nimmt sie alle seine Erinnerungen auf. Dadurch sieht sie die Wahrheit um Kaname. Kaname ist nicht wirklich ihr Bruder. Er gehört zu den ältesten der Vampire, hatte jedoch gesundheitliche Probleme. Ihr tatsächlicher Bruder wurde von Rido getötet, sein Blut wurde dann dem alten Kaname geopfert, damit Rido ihn, den mächtigsten aller Vampire verschlingen konnte. Dieses Vorhaben ging jedoch daneben und Kaname verschlang stattdessen Ridos Blut. Danach wurde Kaname von Juri und Haruka adoptiert, und wie ihr eigenes Kind behandelt. Daher ruht auch die zwiespaltigkeit in Kanames und Juris Kommentaren.
Es scheint Yuki nicht wirklich zu stören, dass ihr "O - Nii - sama" nicht ihr wahrer Bruder ist, doch missfällt es ihr, dass er versucht sie "einzusperren", sie vor der Welt zu beschützen. So nutzt sie die Gelegenheit um auszubüchsen und ihre eigenen Vorstellungen zu verwirklichen. Sie möchte zu allen Reinblütern gehen und ihnen anbieten, dass falls sie des Lebens müd sind, sie ihr Leben nehmen würde, so dass diese nicht gezwungen wären andere mit ins verderben zu ziehen beim Versuch sich selbst zu töten. (So wie bei Ôris vermeindlichem Suizid wo ein Hunter ums Leben kam). Als sie erfährt, was Kaname wirklich vorhat (alle Reinblüter zu vernichten) versucht sie diesen zu stoppen. Sie kämpfen sogar gegeneinander, Yuki mit Artemis und Kaname mit dem Antivampirschwert, dass Rido damals bentuzte um ihn wiederzuerwecken und später um Haruka zu töten. Ruka beentet den Kampf jedoch, indem sie Yuki eine Halluzination verpasst und Kaname so die Möglichkeit hat zu fliehen. Yuki erkennt warum Kaname das alles tut (wegen seiner ersten Geliebten) und versucht ihn beim nächsten Treffen daraufhinzuweisen, dass es IHR Wille war, nicht SEINER. Als Kaname gegen Zero kämpft und Ruka dabei schwer verletzt wird, entscheidet sich Yuki auf Zeros Seite zu sein und gegen Kaname zu Kämpfen; Symbolisch dafür schneidet sie sich die Haare ab, so dass sie die Frisur hat, die sie als Mensch hatte und Zero noch in sie als Mensch verliebt war. Sie sagt noch zu Kaname, der sie zuvor nach dem Kampf gegen Zero gefragt hatte, was sie mit ihm vorhat nachdem sie ihn gefangen hat: "Ich glaube wenn ich tue was ich vorhabe nach dem ich dich gefangen habe...werde ich nicht mehr in der Lage sein, dich zu fangen." Was so klingt als würde sie sich von ihm Lossagen, und doch ist sie der Überzeugung, dass sie eines Tages gemeinsam "aus dem dunklen Wald herausfinden" werden - d.h. dass sie all das Dunkle was geschieht hinter sich lassen. Yuki glaubt also nach wie vor an ein Gutes Ende.
Sie greift Kaname mit ihrer Bloody Rose an und sagt ihm indirekt, dass er sie eh niemals töten könne; Kaname wirft genau diesen Spruch zurück und Yuki schafft es tatsächlich nicht...Ihre Schmetterlinge beschützen sie. (Im Englischen werde Yukis Schmetterlinge, wie auch Kanames Fledermäuse als "Embodyment" bezeichnet") Es ist das erste Mal, dass sie diese Verkörperung zeigt.
Sie versucht Kaname zu überzeugen, dass sich seine ehemals Geliebte zwar Opferte um den Menschen eine Waffe gegen die Reinblüter zu geben aber sicher niemals wollte, dass ALLE Reinblüter vernichtet werden - schon gar nicht durch einen Reinblüter selbst, denn was sie wohl am wenigsten gewollt habe, war dass Reinblüter sich arrogant zeigen.